לשכת המדען הראשי מתווכת בין עולם הידע והמחקר האקדמי ובין שדה מדיניות החינוך והעשייה החינוכית, מתוך מטרה לתרום ולקדם תהליכי קבלת החלטות מיודעי ראיות (Evidence Based Decision Making). הלשכה עוסקת בכתיבה של תשתיות ידע, לצד תמיכה וקידום של תהליכי מחקר רלוונטיים ומכווני שדה כדוגמת מחקרי התערבות, שותפויות אקדמיה-שדה ועוד. הלשכה מעורבת הן בתהליכי יצירת ידע, והן בתהליכי איסוף, תיווך ואיגום של ידע מחקרי קיים בישראל ובעולם. כמו כן, הלשכה אחראית על התוויית המדיניות האתית לפעילות מחקרית במערכת החינוך, עיגונה בהוראות הקבע של המנהלת הכללית במשרד החינוך ובדיקת כלל הבקשות לביצוע מחקרים במוסדות חינוך או באמצעותם ("בקשות להיתר") על פי המדיניות שנקבעה.